短时低氧处理后表皮细胞差异表达基因及相关通路分析

《中华细胞与干细胞杂志(电子版)》[ISSN:2095-1221/CN:11-9310/R] 期数: 2019年第9卷第2期 栏目: 论著

作者:燕荣帅,周鑫,陈鑫,等

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页码:86

摘要:

【摘要】 目的 探讨短时低氧处理后表皮细胞HaCaT转录组差异并找出低氧微环境下表皮细胞关键调控基因。方法 本研究分低氧组和常氧对照组,低氧组在1﹪浓度低氧孵箱中培养30 min,常氧组在常规孵箱中培养30 min,其后采用Trizol法提取总RNA,采用基因芯片技术筛选差异基因,进一步对差异基因采用GO及KEGG Pathway分析关键调控基因。同时采用qRT-PCR对结果进行验证。结果 与对照组相比,低氧微环境处理后表皮细胞上调基因5 416个,下调基因5 060个;GO及KEGG Pathway分析显示差异基因涉及氧化应激、免疫应答、转录因子调控、细胞迁移、信号转导通路及趋化性等。进一步的分析发现,显著调控的基因DDIT3、CCL20以及IL6基因在低氧调控中起着重要作用。同时qRT-PCR验证结果与芯片结果一致。结论 低氧微环境下表皮细胞除氧化应激外,细胞迁移相关基因扮演着重要作用,同时发现表皮细胞能上调基因CCL20以及IL6、下调基因DDIT3在大部分调控中均发挥着重要作用,这些分子对揭示表皮细胞迁移调控及创面愈合机理具有重要的研究价值。
【关键词】 表皮细胞; 短时; 低氧; 基因芯片; 关键基因

 

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